Сведения о карсте в Прихубсугулье чрезвычайно скудны. Описаны и исследованы всего несколько пещер, хотя карстовые породы здесь имеют широкое распространение. В этом районе с большей долей уверенности можно предсказать открытие новых пещер. Перспективность спелеологических исследований подтверждается сведениями о многочисленных пещерах вокруг озера, однако обнаружить их без местных проводников в густых лесах практически невозможно. Геологическая съемка отмечает здесь наличие карстовых полей, воронок, ниш, мелких пещер, а также карстовых озер с характерной правильной округлой формой от 30 до 200 м в диаметре.

 

Сравнительно крупные карстовые формы наиболее широко развиты в долинах рек Эгийн-Гол, Адун-Гол и Ярхис-Гол. Длина выявленных пещер до 10 м. В некоторых из них по стенкам имеются туннелеоб-разные отверстия, остающиеся до настоящего времени неисследованными.

 

Спелеологи из Словакии и Японии проводили здесь экспедиции и выявили наличие небольших пещер протяженностью в десятки метров, как правило, заканчивающихся ледяными пробками — характерный признак для сибирских пещер.

 

На территории Хубсугульского национального парка находится вертикальная пещера Угуул глубиной 26 м. Стены входного колодца на всем ее протяжении покрыты льдом. Периодически в монгольской прессе появляются упоминания о посещении спелеологами в южном Прихубсугулье другой достаточно большой вертикальной пещеры с ледяными сводами, глубиной более 100 м, но карта этой пещеры не составлена, и точных координат ее не указано. Найти ее можно только с местными проводниками.